在朱由检的数次直接过问之下，后军都督府与兵部之间又经过一番扯皮之后，双方达成了一些初步协议。首先，通州的军队编制还是保留着原来的营兵制，而不是像胡文霆先前负责的大名亲军卫那样，把它改成卫所编制。

（明初军卫法规定，一郡设所，连郡设卫。大抵以五千六百人为一卫，一千一百二十人为一千户所，一百十二人为一百户所，五十人为一总旗，十人为一小旗。一卫辖五个千户所，一个千户所辖十个百户所，一个百户所辖两个总旗，每个总旗设五个小旗。

全国军队均按此编制编入卫所，由小旗、总旗、百户、千户、卫指挥使逐级率领。卫所制度为明军的基本编制即成定制，无论是京、省驻军，还是皇帝、藩王的亲军、护军，均按卫所编制。

到了嘉靖年间，募兵的骑兵与步兵以及车兵开始拥有正式的编制——营

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